ตามมติสภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี ในคราวการประชุมครั้งที่ 5/2536 เมื่อวันที่ 18 กันยายน 2536 เรื่อง การจัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายใน โดยสภามหาวิทยาลัยได้กำหนดให้หน่วยตรวจสอบภายใน เป็นหน่วยงานขึ้นตรงต่อนายกสภามหาวิทยาลัย มีหน้าที่ดำเนินการตรวจสอบ ติดตาม และประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัย ในด้านการเงิน การบัญชี การพัสดุ การบริหาร และการจัดการ
ประกอบกับระเบียบมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี ว่าด้วยการเงินและทรัพย์สินของมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2534 ซึ่งประกาศ ณ วันที่ 11 มกราคม พ.ศ. 2534 หมวด 6 การตรวจสอบบัญชี ข้อ 28 ได้กำหนดให้ผู้ตรวจสอบภายในทำหน้าที่ตรวจสอบ (1) บัญชีการเงิน (2) การบริหารและการดำเนินงาน (3) การปฏิบัติการทางคอมพิวเตอร์
จากนั้น ได้มีมติสภามหาวิทยาลัยในคราวการประชุมครั้งที่ 7/2544 ให้มีการจัดตั้งสำนักงานคณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบและประเมินผลการปฏิบัติงาน เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2544 ให้ เป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงกับสภามหาวิทยาลัย เพื่อทำหน้าที่ประสานและดำเนินการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย ในการนี้ สภามหาวิทยาลัยได้มอบหมายให้สำนักงานดังกล่าวมีเลขาธิการ 1 คน เป็นผู้บังคับบัญชา มีตำแหน่งเทียบเท่ารองอธิการบดี แบ่งโครงสร้างเป็น 4 หน่วย งาน โดยมีหน่วยธุรการ หน่วยติดตามผลการดำเนินงาน หน่วยตรวจสอบภายใน และหน่วยประเมินผลการปฏิบัติงาน และตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวการประชุมครั้งที่ 9/2548 เมื่อวันที่ 24 กันยายน 2548 ได้เห็นชอบระเบียบมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี ว่าด้วยการตรวจสอบภายใน (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2548 ซึ่ง มีสาระสำคัญในการเปลี่ยนแปลงครั้งนี้ ได้แก่ โครงสร้างหน่วยตรวจสอบภายในให้ขึ้นตรงกับอธิการบดี และส่งรายงานผลการตรวจสอบและข้อมูลที่เกี่ยวข้องให้แก่คณะกรรมการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลงานเพื่อพิจารณา
จนถึงปัจจุบัน ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ 4/2551 เมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม 2551 ได้เห็นชอบระเบียบมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี ว่าด้วยการติดตาม ตรวจสอบ ประเมินผลงาน และการตรวจสอบภายใน พ.ศ. 2551 ซึ่ง สาระสำคัญของระเบียบฉบับนี้ ได้แสดงให้เห็นถึงความเข้มแข็งด้านการกำกับดูแลกิจการตามหลักธรรมาภิบาล เพื่อเอื้อประโยชน์สูงสุดต่อมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี