หน่วยตรวจสอบภายในและสถานส่งเสริมและพัฒนาระบบสารสนเทศเพื่อการจัดการ (MIS) ได้ร่วมกันจัดทำระบบการตรวจสอบภายในออนไลน์ เพื่อเป็นเครื่องมือสำคัญที่จะช่วยให้การปฏิบัติงานตรวจสอบสามารถดำเนินการได้ปริมาณงานที่เพิ่มมากขึ้นโดยใช้ระยะเวลาในการตรวจสอบน้อยลง สามารถเลือกข้อมูลที่สำคัญมาพิจารณาเลือกตรวจสอบเฉพาะที่คาดว่าจะผิดปกติ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ ประสิทธิผล และการตัดสินใจได้อย่างถูกต้อง รวดเร็ว เชื่อถือได้ โดยมีการพัฒนาระบบการตรวจสอบภายในออนไลน์รวม 3 ระบบ ได้แก่
- ระบบการติดตามผลการดำเนินการตามข้อเสนอแนะของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน
- ระบบการตรวจสอบด้านการเงินบัญชี (Financial Auditing Online) ของส่วนการเงินและบัญชี
- ระบบการตรวจสอบด้านการปฏิบัติตามกฎ ระเบียบ (Compliance Auditing Online) ด้านการจัดซื้อจัดจ้าง
