มหาวิทยาลัยมีนโยบายให้หน่วยตรวจสอบภายในเข้าตรวจสอบเฉพาะกิจ ก่อนที่สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินจะเข้ามาตรวจสอบงบการเงิน ณ 30 กันยายน พ.ศ. 2562 จำนวนทั้งสิ้น 5 หน่วยงาน ได้แก่
- ส่วนการเงินและบัญชี
- ฟาร์มมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี
- โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี
- เทคโนธานี
- สุรสัมมนาคาร