ศูนย์กิจการนานาชาติอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการและพัฒนาความเป็นสากล มีผู้อำนวยการและรองผู้อำนวยการเป็นผู้บริหารหน่วยงาน เมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2562 สภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี มีมติเห็นชอบการปรับโครงสร้างองค์กรออกเป็น 4 ฝ่าย โดยมีเจ้าหน้าที่บริหารงานทั่วไปในฝ่ายบริหารงานทั่วไปจำนวน 2 คน เจ้าหน้าที่บริหารงานทั่วไปในฝ่ายบริหารความร่วมมือระหว่างประเทศจำนวน 2 คน เจ้าหน้าที่บริหารงานทั่วไปในฝ่ายบริการนักศึกษาและหลักสูตรจำนวน 1 คน เจ้าหน้าที่บริหารงานทั่วไปในฝ่ายพัฒนาและสนับสนุนการเรียนรู้ภาษาต่างประเทศจำนวน 1 คน พนักงานธุรการ 1 คน และมีคณะกรรมการประจำศูนย์ฯ กำกับ ดูแล การดำเนินงานของศูนย์ฯ ให้เป็นไปตามแผนและนโยบายของมหาวิทยาลัยอย่างมีธรรมาภิบาล